Es bien sabido que Shakira y Gustavo Cerati mantenían una relación de amistad y mutua admiración, la cual surgió cuando trabajaron juntos en el disco "Fijación Oral Vol. 1"; sin embargo, el medio español, "Diario Gol", sacó a la luz el amor prohibido entre la cantante colombiana y el intérprete argentino, afirmando que su relación pudo haber sido más intensa de lo que se pensaba.
Fuentes cercanas aseguraron que la cantante podría haber tenido un romance secreto con el líder de la agrupación "Soda Stereo”.
Ambos llevaron una relación muy cercana e incluso colaboraron en tres canciones, pero nunca confirmaron una relación amorosa, pues cuando se conocieron, Gustavo estaba casado y una vez que se divorció comenzó una relación con alguien más, a pesar de esto aseguran que su amor por él era tan grande que incluso nunca la vieron tan emocionada con su actual pareja Gerard Piqué.
Después de que murió, Shakira se mostró desolada y en uno de sus conciertos, abrió su corazón para recordar al hombre que más había admirado, así le dedicó la canción "Sale el Sol”
"Esta canción va para todos los que alguna vez pasamos un momento difícil. No importa qué tan mal se vean las cosas, hay luz al final del camino. Quiero dedicársela a mi gran amigo Gustavo Cerati".
En mayo de 2008, Shakira invitó a Cerati al concierto que ofreció en Buenos Aires para apoyar a la Fundación ALAS. Ambos interpretaron el tema "En la ciudad de la furia".
"Hay gente que se parece a la ciudad en la que nace. Y hay ciudades que se parecen a su gente. Buenos Aires tiene un sinónimo: Gustavo Cerati", dijo en aquella ocasión la colombiana.
Shakira también escribió el prólogo del libro "Cerati en primera persona", de Maitena Aboitiz, que salió a la venta en 2013. En el texto entre otras cosas habló del viaje que hizo junto al músico por el mar Egeo.
También recordó el diccionario de palabras que tenía Cerati desde su adolescencia. "Gustavo siempre ha sido muy importante en mi vida, incluso desde antes de conocerle, por infinitas razones, pero sobre todo porque en mi opinión es el músico más grande de rock en habla hispana”.
Tras la muerte de Cerati, ocurrida el 4 de septiembre de 2014, Shakira publicó en su cuenta de Twitter un mensaje en honor a él:
"Gustavo, aún nos queda por hacer la canción más importante de todas. Te quiero amigo, y sé que me quieres. Tal como me enseñaste, usaré el amor como un puente, ese que nos une todo el tiempo".
La intérprete también envió una carta a la mamá de Cerati, Lilian Clark, en la que dijo:
"Gustavo sabía escuchar. Me hacía reír. Se reía de mis cosas. De la gente que se ha atrevido a hacer rock en español, él fue el más mágico. Es un despliegue de talento único, uno de los más grandes letristas hispanos. Con él aprendí. He sido siempre y siempre seré una fan de Gustavo Cerati".